Tente usar o ffmpeg para gerar o GIF também. É um processo de dois passos.
Etapa 1 Gerar uma paleta
ffmpeg -i ppt.mp4 -vf palettegen palette.png
Etapa 2 Gere o GIF
ffmpeg -i ppt.mp4 -i palette.png -filter_complex paletteuse out.gif
Se o acima não produzir um resultado aceitável, podemos tentar usar o ffmpeg para rastrear a animação PPT e usá-la como fonte.