Sabe-se que o tamanho do arquivo arquivado, cujo tamanho é superior a 4 GB, é exibido incorretamente no Windows Explorer. Isso acontece porque o Windows Explorer (confirmado / testado no Windows 7) não pode processar esses archives corretamente, o que é devido a dados de tamanho de arquivo de 64 bits (zip64) sendo lidos incorretamente.
O Info-ZIP UnZip (versão 6.00 ou mais recente) pode processar esses arquivos corretamente ou qualquer outro bom arquivador como o 7zip (gratuito) ou o winrar.
Assim, o seu problema é a interpretação de dados de um descompactador, não um problema de empacotamento.