Se você tem um vírus, formate a máquina totalmente. Se a imagem da qual você está restaurando não tiver o vírus, não há problema em prosseguir.
Se outro disco rígido pode estar infectado, você precisa fazer a mesma coisa - faça o nuke e restaure a partir de back ups.
Se o vírus estiver na rede, você ainda fará basicamente a mesma coisa. Desconecte a rede, proteja tudo e reinicie com o backup.