Eu RDP em meus servidores W2008 e W2012 para fazer o trabalho administrativo como você descreve. Ambos também executam versões diferentes do IIS.
Dependendo da conta com a qual você fizer login, dependerá de seus direitos de acesso (como seria de esperar).
No entanto, se você está acessando o arquivo de configuração, você quer dizer o arquivo de configuração do seu aplicativo da Web ... Se sim, você já o fez no seu projeto ASP.NET (supondo que esteja usando o ASP.NET ( WebForms ou MVC)), o (s) arquivo (s) web.config!