Use o filtro de bloco.
ffmpeg -i main.mp4 \
-vf "movie=bg.mp4,hue=s=0[bg];[in]scale=iw/2:-1,pad=iw+20:ih+20:10:10:color=yellow[m]; \
[bg][m]overlay=shortest=1:x=(W-w)/2:y=(H-h)/2[out]" -c:v libx264 completed.mkv
Isso cria uma borda amarela de 10 pixels ao redor do vídeo menor. iw+20
e ih+20
criam uma tela acolchoada que é 20 pixels maior que o vídeo. Em seguida, o vídeo é colocado em (10,10) a partir da parte superior esquerda da tela, criando assim uma borda uniforme de 10 pixels, cuja cor é definida como yellow
.