A pasta WinSxS é fundamental para o Windows e removê-la pode causar problemas. Se houver um na pasta% SYSTEMROOT% na unidade C, é possível que o outro seja de uma instalação anterior ou de atualizações, conforme indicado. O artigo da Microsoft aqui indica que a Limpeza de Disco pode limpar alguns dos arquivos que estão lá. Este link mostra que não deve estar em pastas diferentes de onde o próprio Windows está instalado:
So obviously you cannot delete this directory or move it elsewhere. Nor is it advisable
to delete anything here, as such a step could probably make your applications
un-workable or even break your system! If you have many applications installed, you can
expect to have a jumbo sized winsxs folder. This WinSxs folder cannot reside on any other
volume than the system volume. This is because of the NTFS hard links. If you try to move
the folder, it may result in Windows updates, service packs, features, etc, not installing
correctly.
Se a pasta não estiver na mesma unidade que o Windows, deve ser seguro removê-la, mas faça tudo primeiro, apenas por precaução.
Em uma nota lateral, se você tiver o Windows 8.1 ou posterior, há um utilitário que você pode usar para tentar reduzir o tamanho da pasta winsxs. Pode ser encontrado aqui .