Consegui restaurar as mensagens após este post:
Felizmente, o Thunderbird foi configurado para salvar cópias locais de mensagens da caixa de entrada e mensagens enviadas (é por isso que eu ainda tinha arquivos grandes nas subpastas da conta ImapMail). Eu não sei se esta é a configuração padrão para o Thunderbird (não era eu para instalar a TB em primeiro lugar), mas isso me salvou.
É interessante que os arquivos grandes, por exemplo, INBOX, não sejam excluídos e recriados ao modificar o servidor, mas parece que novas mensagens são anexadas a ele, mesmo que as antigas não sejam lidas mais, então o que eu fiz foi copiá-los para c:\users\username\appaata\roaming\thunderbird\profiles\<profilename>\mail\local folders
e agora eu tenho tudo de volta .
Uma vez copiados, é seguro excluí-los da subpasta da conta, para que os arquivos de mensagens de cada conta (caixa de entrada, enviada, ...) sejam recriados do zero e contenham apenas novas mensagens.