So, is using a cpu without an integrated graphics card not a "wise" choice in any case?
A resposta rápida é: Não, você não precisa de gráficos de CPU integrados (se eu entendi o duplo negativo na pergunta).
Resposta mais longa: Contanto que você tenha resfriamento suficiente para o seu sistema, você não verá uma diferença real nas operações da CPU, exceto na diferença que você pode esperar de diferentes CPUs em geral.
No entanto, a escolha é, como sempre, um fator do dinheiro que você quer gastar versus o poder da máquina que você quer construir versus a versatilidade da máquina final.
Se você quiser gastar um pouco mais para experimentar gráficos integrados, vá em frente. Caso contrário, se você já está comprometido em usar uma GPU dedicada, eu diria que você não precisa dos gráficos integrados com a CPU. Na verdade, você obterá um desempenho gráfico muito superior a partir de uma placa gráfica dedicada ou até mesmo de gráficos integrados à placa-mãe.
EDITAR:
Para ser claro: o único limite para uma CPU sem gráficos integrados (comparado a uma CPU COM gráficos integrados) é que ela não pode renderizar gráficos.
What I'm "worried" about is this: is a cpu with an integrated graphics card capable of doing some operations that other cpus can't? (Of course I'm talking about when the dedicated gpu is running fine)
Resposta: Não.