Este é um problema conhecido com a maioria dos programas que "interagem com a sessão". Quando uma sessão RDP é desconectada da sessão, "é encerrada" e tudo o que interage com a interface do usuário não funciona mais. Se você minimizou sua sessão RDP, provavelmente também a veria lá.
A única maneira de contornar isso é não usar RDP e ver se você pode obter algo como Teamviewer Host, ou algum outro software similar que permite que você assuma a "sessão de console", dessa forma o console pode ficar logado mesmo depois de desconectar.