O Windows não suporta isso nativamente.
O software do Painel de Controle que acompanha o hardware normalmente não consegue distinguir os programas, apenas as portas. Isso significa que, para que isso funcione, você terá que trabalhar com softwares como o Virtual Audio Cable para criar portas virtuais e redirecionar um programa, como o skype, para usar esse dispositivo de áudio, enquanto o Windows usa outro.
A maior limitação é que, para que isso funcione, o próprio programa deve ter a opção de selecionar um dispositivo de reprodução. O Skype oferece isso, portanto, no seu exemplo, isso funcionará. Isso significa que todos os sons nas janelas serão direcionados para um alto-falante, onde o skype usa o outro.
Observe que programas como o VAC não são gratuitos.