Eu gostaria de ter visto isso há um ano e meio quando foi publicado pela primeira vez. Ainda assim, postarei uma resposta caso alguém esteja procurando uma solução.
A maneira mais fácil é abrir uma cópia do documento para que você não faça alterações no original acidentalmente. Em seguida, clique duas vezes em uma das equações para abri-la no MathType. Altere o tamanho total para qualquer tamanho de texto que você está usando no PPT - provavelmente algo entre 24pt e 32pt. (Faça isso na caixa de diálogo Definir tamanhos do MathType - parte inferior do menu de tamanho. Defina Completo com este valor e certifique-se de que os próximos 4 tamanhos estejam em% valores, não valores pt. Se não estiverem em%, defina-os como estes valores, respectivamente: 58, 42, 150, 100.) Antes de fechar Define Sizes, certifique-se de que "Use for new equations" esteja marcado. Não feche o MathType ainda.
Se você estiver usando uma fonte diferente no PPT do que está usando no Word, vá para Estilo / Definir em MathType. Altere a fonte primária para ser a fonte PPT. Feche o MathType para salvar essa equação no Word.
No Word, vá para a guia MathType na faixa de opções, procure o comando Format Equations e clique nele. Configure-o para usar as "Preferências de Nova Equação" do MathType "e" Todo o Documento ". Clique em OK e aguarde que termine.
Agora você pode copiar & cole equações do Word ao PPT e todas elas terão o tamanho correto. Não há nada que você possa fazer para evitar o problema de as equações não serem inline no PPT. O PowerPoint não permite que objetos inseridos sejam alinhados com o texto.