Qualquer tarefa repetitiva grande como a que você descreveu só pode ser automatizada se houver uma característica distinta que o computador possa identificar. Por exemplo. Se o texto foi quebrado em cada 5ª palavra. Se você puder identificar isso, use uma macro no VBA para corrigir o problema. É claro que nem sempre é esse o caso, mas não podemos ter certeza com as informações limitadas que você nos deu.
Sugiro que, em vez de usar o word, você converta diretamente do PDF para o Excel. Existem vários serviços online gratuitos disponíveis para você. Esteja avisado, no entanto, que, a menos que o PDF seja apenas uma tabela, ele não será convertido corretamente. Assim, por favor, deixe-nos saber de que maneira ele desarrumada após a conversão e nós podemos ajudá-lo a partir daí.