Você não diz nada sobre quais ferramentas você tem em mãos ou qual sistema operacional você tem, mas supondo que você tenha acesso a ferramentas unix padrão como xxd e grep você poderia fazer algo assim:
xxd my_binary_file | grep -E ": [0-9,a-f, ]*[1-9,a-f]+"
O comando acima irá filtrar a parte do arquivo apresentada apenas como 0000.