Alguns recursos para o suporte a submódulos git foram implementados no VS 2015 Update 2, mas não no suporte ao histórico. Isso simplesmente não funciona. Algumas pessoas escrevem algo sobre o TFS 2015 neste contexto - talvez funcione apenas com ele. Eu não testei assim pessoalmente.
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Precisamos disso na SAAB também porque temos projetos grandes e complexos e também estou triste por isso.