Este é um problema conhecido especificamente no Windows.
O Windows trata as unidades flash USB de maneira diferente do que trata os discos rígidos USB. Flash drives não são "suposto" para ser particionado, portanto, o Windows suporta apenas o primeiro. Nenhum outro sistema operacional tem essa limitação.
Se você realmente precisar usar várias partições no Windows, deverá usar uma unidade flash que tenha seu conjunto de bits de mídia removível (RMB). O Windows vê essas unidades flash como discos rígidos USB e pode trabalhar com quantas partições desejar. Infelizmente, este é um recurso do firmware da unidade flash e há pouco que você possa fazer sobre isso.
A Lexar tem uma ferramenta em seu site que pode alterar o estado do bit. Algumas unidades flash SanDisk o definem por padrão. Mas estas são exceções, não a regra. A menos que você tenha a sorte de ter uma unidade flash com o conjunto RMB, não poderá trabalhar com várias partições no Windows.