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Para silenciar o rastreamento do servidor, você pode redirecionar a saída do seu morcego para o NUL. Exemplo: your.bat > NUL 2 > & 1 Você pode encontrar mais informações sobre como redirecionar a saída no Windows aqui: link
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Seu segundo problema com Jenkins parece um comportamento esperado. Você pode encontrar mais explicações no wiki oficial do Jenkins, aqui: link Observe o informações na caixa azul - esse é o erro que você está recebendo.
Eu presumo que você está tentando iniciar seu servidor usando uma ação de compilação (Executar Comando de Lote do Windows) ou uma etapa de pós-compilação. Isso faz com que seja parte integrante da sua compilação, bloqueando assim o preenchimento. Para este propósito, você deve tentar usar o Plugin de Tarefas em Lote para o Jenkins, já que ele não bloqueará sua construção. Sua construção será concluída com sucesso e a tarefa será executada separadamente.