Depois de algumas escavações e experimentos, o fenômeno se deve ao banco de dados global do Thunderbird que continua armazenando textos de mensagens mesmo que a mensagem original tenha sido excluída por muito tempo (e não faça parte do arquivos reais mais). Então, aqui a solução foi:
- feche o Thunderbird
- delete global-messages-db.sqlite. No Windows: vá na pasta AppData do Thunderbird, depois dentro de Profiles, depois dentro da pasta do perfil de usuário correspondente: lá você encontrará o arquivo dito
- reinicie o Thunderbird. Ele estará reconstruindo o banco de dados global, e qualquer email que não exista a partir de agora (porque foi deletado ontem ou cinco anos atrás) obviamente não será mais capaz de fazer parte dele:)
Você pode verificar o avanço da reconstrução em Ferramentas- > Atividade.