Consegui encontrar o que procurava, eis como o fiz.
Para converter a parte de áudio do arquivo mkv que eu usei - Pazera Free Audio Extractor - Você também poderia usar a TFM Audio Tool
Depois de converter o arquivo de áudio, você pode recombinar o arquivo de áudio e o arquivo de vídeo com MKVToolNix - não se esqueça de desmarcar a faixa de áudio que está já no arquivo mkv, ou defina a nova faixa de áudio para o padrão, antes de muxing tudo junto.