MPEG IMX é o nome usado pela Sony para o padrão SMPTE 356M , também chamado D10. O FFmpeg possui um muxer MXF-D10. Então, primeiro atualize seu ffmpeg binário e tente isto com um único arquivo primeiro e teste-o em sua aplicação:
ffmpeg -i input.mov -map 0:v -map 0:a -timecode 00:00:00:00
-c:v mpeg2video -pix_fmt yuv422p -r 25 -b:v 30000k -minrate 30000k -maxrate 30000k
-bufsize 1200000 -rc_init_occupancy 1200000 -rc_max_vbv_use 1 -rc_min_vbv_use 1
-intra -flags +ildct+low_delay -intra_vlc 1 -non_linear_quant 1
-ps 1 -qmin 1 -qmax 3 -top 1 -dc 10
-c:a pcm_s16le -ar 48000 -d10_channelcount 2
-f mxf_d10 output.mxf
Se o acima funcionar, então
ffmpeg -f concat -i "filestoconcat.txt" -map 0:v -map 0:a -timecode 00:00:00:00
-c:v mpeg2video -pix_fmt yuv422p -r 25 -b:v 30000k -minrate 30000k -maxrate 30000k
-bufsize 1200000 -rc_init_occupancy 1200000 -rc_max_vbv_use 1 -rc_min_vbv_use 1
-intra -flags +ildct+low_delay -intra_vlc 1 -non_linear_quant 1
-ps 1 -qmin 1 -qmax 3 -top 1 -dc 10
-c:a pcm_s16le -ar 48000 -d10_channelcount 2
-f mxf_d10 joined.mxf