Você pode fazer isso sem problemas se não os operar.
Eu duvido que você esteja pensando em usá-los enquanto está na sacola e apenas esteja procurando um método para carregá-los.
Os discos rígidos são blindados o suficiente para que seus ímãs internos tenham alguma influência sobre os dispositivos adjacentes, mas quando eles operam, geram calor. É com esse calor que você se preocuparia.