O OS X tem a capacidade de atualizar automaticamente os aplicativos da loja de aplicativos. Esse pode ser o caso para você.
Para desativar esse comportamento,
- No menu Apple, clique em Preferências do sistema.
- Vá para o painel da App Store. Você verá opções para "Instalar as atualizações do OS X".
- Desmarque a opção "Instalar atualizações de aplicativos" para desativá-las