Ajudaria saber qual sistema operacional você está usando para fornecer uma resposta exata. Em ambos os Windows / * nix, você deve ser capaz de fazer isso facilmente com o redirecionamento de saída e classificação na linha de comando. Isso tudo está assumindo que os timestamps são formatados da mesma maneira e cada linha está em branco ou contém um timestamp.
Aqui está o meu exemplo de 1 linha de janelas: digite file1.txt > file3.txt & tipo arquivo2.txt > > file3.txt & tipo file3.txt | classificar | mais