GPU da Nvidia usa algo chamado "GPU Boost 2.0" Este software vem gratuitamente com o seu GPU, também não há necessidade de instalar o GPU Boost! O que ele faz é quando sua GPU tem mais espaço térmico (quando está mais frio do que o necessário), ele irá se overclock! Então, quando você executar o seu GPU em um frio de 50 graus, ele fará overclock.
Você também está seguro para operar sua GPU a 90 graus, há apenas uma pequena diferença na vida útil quando você usa sua GPU em alta temperatura por longos períodos de tempo, em vez de mantê-la fria e ociosa. :)
Conclusão: SIM! temperaturas mais baixas fazem a diferença com o seu GPU Nvidia, porque ele fará overclock quando tiver espaço livre térmico. A GPU estará bem rodando 90 graus por um longo período de tempo, ela simplesmente não gostará de você por isso.
Espero ter respondido sua pergunta:)