No meu experimento pessoal, toda vez que eu encontrei este problema com qualquer cliente de transferência de arquivos (FileZilla, TotalCommander, DoubleCommander) sempre foi o caso das conexões de limitação do servidor. Muito provavelmente a configuração do seu servidor mudou.
A execução de várias instâncias do seu cliente conectadas ao mesmo servidor não ajuda, pois o servidor limita as conexões por ip ou por conta (você teria que usar um proxy e / ou outro usuário com os mesmos privilégios no controle remoto). sistema).
Se for o caso de conexões limitadoras do servidor, você provavelmente verá um aviso em um log visível na janela principal do FileZilla (se você o desativou, ele poderá ser reativado através do menu de exibição).