O FUSE é projetado para operar em sistemas de arquivos no espaço do usuário - ele não diz nada sobre a criação da representação do sistema de arquivos em um disco em primeiro lugar - e isso estaria fora do escopo do FUSE - você apenas usa utilitários regulares.
Como seria um deles, eu esperaria que você simplesmente usasse as ferramentas mkfs apropriadas (se elas existirem). Então, para NTFS você pode usar mkfs.ntfs ou mkntfs (dependendo da versão, etc), isto é, fora do FUSE.
O mesmo poderia acontecer com qualquer outro sistema de arquivos que você pudesse encontrar uma maneira de formatar.