Se você tem um live CD Linux (como o Ubuntu 14.04 LTS), você pode instalar o programa "Reparo de Inicialização" do Linux que pode resolver as coisas para você, quando estiver no ambiente Destop, abra um terminal e execute o seguintes comandos um por um:
sudo add-apt-repository ppa:yannubuntu/boot-repair
sudo apt-get update
sudo apt-get install -y boot-repair && boot-repair
Isso instalará o programa - abra-o e você verá o seguinte:
Vocêpodeusarasopçõesexibidas,bemcomoafunção"Restaurar MBR" para resolver seu problema, isso deve funcionar perfeitamente.
Também pode valer a pena trabalhar com as outras guias de opções, particularmente a guia de opções do MBR, onde você pode escolher o disco rígido principal e o sistema operacional:
Deixe-me saber se você precisar de mais alguma coisa.