Nos casos em que a saída do ffmpeg está sendo transmitida para o ffserver, a configuração do formato de saída causará esse erro.
Você especificou o formato de saída no arquivo de configuração ffserver, então remova o comando -f flv
do seu comando ffmpeg:
raspivid -t 0 -w 640 -h 480 -b 1024000 -fps 5 -ih -n -o - | \
ffmpeg -i - -c:v copy -r 5 -an -override_ffserver \
http://localhost:8090/feed1.ffm