Sua melhor aposta seria Carbon Copy Cloner (provavelmente o número 1 na minha lista absolutamente obrigatória). Você também pode tentar CloneZilla, SuperDuper! ou outro aplicativo baseado em rsync (existem alguns por aí). Eu tentei a maioria deles e continuo voltando para o CCC. Se não está quebrado, não conserte! Eu usei o CCC para restaurar uma unidade recentemente particionada mais vezes do que eu gostaria de contar, então sei que funciona bem.
Muitos ou a maioria dos itens acima é gratuita ou tem um período de teste.
Quanto ao Linux - provavelmente uma opção de rsync está disponível, mas você sempre pode reinstalá-lo no Windows? Winclone deveria funcionar. Um pouco de trabalho para fazer backup de 3 partições, mas ei, os Deuses com drive de disco já te odeiam, parece ...
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