O Ubuntu suporta o OpenJDK fora da caixa. Deixe o OpenJDK instalado. Desta forma, instalar o software que depende do Java não irá reinstalar o OpenJDK toda vez.
Depois de instalar o Oracle Java 7, use suas variáveis de ambiente e o sistema de alternativas do Ubuntu para configurar o Oracle JDK como o padrão.
Ao instalar softwares como o NetBeans, você terá que consultar a documentação do Netbeans e configurar especificamente o Netbeans para trabalhar com o Oracle JDK em vez do OpenJDK. Alguns softwares detectam seu Java padrão a partir das variáveis de ambiente, enquanto outros não.
Aqui está uma entrada de blog que instala o Oracle Java 7 usando o sistema de alternativas do Ubuntu: link
Aqui está um link para o comando update-alternatives: link