Eu resolvi meu problema desta maneira:
Primeiro eu configuro minha configuração de monitores em
gnome-control-center display
Então salvei e apliquei as alterações.
Então corri
xrandr -q
para obter minha configuração atual. Algo parecido com isto:
Screen 0: minimum 320 x 200, current 1920 x 1980, maximum 8192 x 8192
LVDS1 connected 1600x900+0+1080 (normal left inverted right x axis y axis) 0mm x 0mm
1600x900 60.1*+
1440x900 59.9
1360x768 59.8 60.0
1152x864 60.0
1024x768 60.0
800x600 60.3 56.2
640x480 59.9
VGA1 disconnected (normal left inverted right x axis y axis)
HDMI1 connected 1920x1080+0+0 (normal left inverted right x axis y axis) 475mm x 267mm
1920x1080 60.0*+
1280x1024 75.0 60.0
1152x864 75.0
1024x768 75.1 60.0
800x600 75.0 60.3
640x480 75.0 60.0
720x400 70.1
DP1 disconnected (normal left inverted right x axis y axis)
Com essas configurações, criei um script em ~/bin/monitors-configure
#!/bin/bash
xrandr --output LVDS1 --mode 1600x900 --pos 0x1080 --rotate normal --output VGA1 --off --output DP1 --off --output HDMI1 --mode 1920x1080 --pos 0x0 --rotate normal
Agora, só corro monitors-configure