Uma VPN é sua melhor aposta. É possível que os provedores tentem e analisem o que está passando pela VPN observando o tamanho dos pacotes e o tempo das transmissões, mas isso só os ajudaria a adivinhar, e é muito provável que seja implementado. (Se fosse comum, tenho certeza que o OpenVPN teria introduzido funcionalidade para permitir o enchimento de pacotes e a modificação do tempo)
Com relação ao desempenho, Paul está absolutamente correto, os VPNs diminuirão o desempenho e tornarão mais difícil implementar o VOIP de alta qualidade. Você precisa tentar manter sua latência o mais baixa possível, e seu jitter baixo - o que significa encontrar um bom provedor de VPN mais ou menos no caminho que seus pacotes VOIP tomariam, e quem está conectado bem o suficiente para não adicionar latência. O VOIP ainda funcionará sem isso, mas você irá degradar a qualidade (por exemplo, causando problemas de eco e atrasos perceptíveis entre quando uma sentença é iniciada e quando é ouvida). Idealmente, o tráfego VOIP deve ser mantido abaixo de 30ms - embora em muitos casos isso não seja prático - da Ilha eu vivo no Pacífico Sul, a velocidade da luz dita tempos mínimos de mais de 100ms para os EUA - e VOIP funciona bem.