Você não faz. Essas fontes não são pré-instaladas no GIMP, mas no seu sistema Ubuntu. Todas as fontes do sistema são exibidas lá.
Talvez alguns deles sejam instalados exclusivamente para o GIMP - você pode verificar edit->preferences->folders->fonts para as pastas de fontes que o GIMP usa - existe uma pasta para todo o sistema, para todos os usuários do sistema Linux, esta é a% prefixo/usr/share - e o outro está em sua pasta pessoal (normalmente /home/< user>/.gimp-2.8/fonts - ele será alterado para /home/<user>/.config/GIMP/<version>/fonts para futuras versões estáveis do GIMP).
A exclusão dessas pastas, como escrevi acima, não excluirá a maioria das suas fontes. Verifique suas configurações do sistema e desinstale as fontes supérfluas do painel de controle do sistema para removê-las do GIMP.
Infelizmente, enquanto para outros recursos (pincéis, paletas, gradientes, etc ...) o GIMP 2.8 conta com um poderoso sistema de marcação que permite a filtragem rápida dos recursos desejados, as tags não estão disponíveis para fontes. (Experimente: dentro da respectiva guia de recursos (diálogo encaixável), selecione um recurso, digite uma lista de tags para ele na entrada na parte inferior da caixa de diálogo. Basta digitar um nome de tag no campo de entrada "filter" para ter apenas os recursos com essa tag listados).
Assim, a única coisa que resta, além de desinstalar as fontes do sistema, é usar essa guia de fontes, pelo menos é melhor do que o widget de seleção de fontes nas opções da ferramenta Font. ( Windows->Dockable Dialogs->Fonts )