O repositório do git que você criou não é um repositório vazio. Um repositório vazio é um repositório sem a árvore de trabalho.
De git-scm
Agora, você pode configurar um repositório vazio para eles executando git init com a opção --bare, que inicializa o repositório sem um diretório de trabalho:
Você pode criar um repositório simples com:
'git init --bare <project name>'
Transformar um repositório normal em um repositório simples não é tão difícil, você pode obter sua melhor resposta em StackOverflow