Finalmente, posso fazer isso com um simples script AutoHotKey. Primeiro, atribua um atalho de teclado para "Convert to Unix Line Ending" em "Shortcut Mapper" (deve ser em torno de S.No 153)
#IfWinActive, G:\ ahk_class Notepad++
^s::Send ^!j^s
#IfWinActive
As primeiras linhas verificam se as janelas atuais são o notepad ++ e o arquivo aberto é de G:\
partition (o Notepad ++ define o caminho atual do arquivo como título)
Segunda linha de captura Ctrl + S , e depois envia primeiro Ctrl + Alt + J (Notepad ++ atalho de teclado para mudar a linha que termina em Unix), e então Ctrl + S para finalmente salvá-lo)