ffmpeg pode fazer isso rapidamente, com um comando como este
Primeiro, crie um arquivo de texto, segments.txt
, como este
file 'in.mp4'
inpoint 48.101
outpoint 67.459
file 'in.mp4'
inpoint 76.178
outpoint 86.399
file 'in.mp4'
inpoint 112.140
outpoint 125.031
execute,
ffmpeg -f concat -i segments.txt -c copy out_merged.mp4