não use echo , use cat
cat /root/.ssh/id_rsa.pub | ssh root@HOSTNAME "cat >> /root/.ssh/authorized_keys"
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echo /root/.ssh/id_rsa.pubproduzirá a string /root/.ssh/id_rsa.pub -
cat /root/.ssh/id_rsa.pubproduzirá o conteúdo de /root/.ssh/id_rsa.pub -
ssh-copy-id -i my/alternate/pub.key root@HOSTNAMEpode ser uma solução, você será solicitado a senha pela primeira vez.