Na versão mais recente do OSX, El Capitan , a Apple adicionou proteção aos arquivos em /usr/bin (e outros diretórios). Eles chamam isso de Proteção da integridade do sistema :
In OS X, the “root” user account previously had no permission restrictions and could access any system folder or application on your Mac. Software gained root-level access when you entered your administrator name and password to install it and could then modify or overwrite any system file or application.
System Integrity Protection restricts the root account and limits the actions that the root user can perform on protected parts of OS X.
Se você tem permissões suficientes, você pode substituir isso (veja os comentários em postado no OsxDaily).
Considerando os prós / contras, fazer isso é algo que não é aconselhável para a maioria das pessoas.
Em vez disso, você deve procurar em adicionar uma versão do git que você possa manipular (e remover se necessário), como MacPorts ou homebrew .