Antes de mais nada, verifique se o seu sistema de arquivos é consistente. Como você usa o NTFS, é melhor fazer isso no Windows.
BackInTime altera a permissão de todos os arquivos e pastas para que você não possa alterar ou remover o backup acidentalmente. Use a GUI do BackInTimes para remover o instantâneo inteiro ou partes dele ou altere as permissões primeiro:
find /path/to/backintime/HOST/USER/PROFILE/SNAPSHOTID/backup -type d -exec chmod u+wx {} +
rm /path/to/backintime/HOST/USER/PROFILE/SNAPSHOTID/backup/file/to/remove
Editar
De acordo com o seu comentário, sua unidade já estava inconsistente. Isso significa que outros arquivos também podem estar corrompidos. rsync
normalmente compara apenas o tamanho dos arquivos e o tempo de modificação para decidir se um arquivo precisa ser sincronizado. Isso não detectará arquivos corrompidos.
Então, por favor, tire um novo instantâneo com
backintime --profile-id 1 --checksum --backup
para todos os perfis. Isso vai demorar, mas no final seu backup estará seguro novamente.
Disclaimer: Eu sou o principal dev atual de BackInTime