Sim. Clique com o botão direito no atalho e selecione Fixar no começo. Acabei de testar isso com um arquivo de lote Hello World. Funcionou muito bem.
Faça o seu arquivo de lote:
echo Hello World!
Pause
Crie seu atalho (pelo link que você postou). Clique com o botão direito no atalho e clique em Pin to Start
.