A super-chave funciona em qualquer lugar com alguma coisa? Tem outro computador para testá-lo? O mais rápido método 100% confiável para testar hardware como este é testá-lo em outro computador.
A partir do seu teste xkeybinds, parece que a própria chave está suja, presa ou quebrada ou algo assim, e simplesmente não funciona.
Se a super-chave não funciona em outro computador, então é definitivamente a chave (ou o teclado inteiro) em si que não funciona.