Se você quiser que ele inicie automaticamente quando você ligar o computador, escrever um script de inicialização como descrito na opção 3 é o melhor. O importante é lembrar que o ambiente, particularmente o caminho de pesquisa e o diretório de trabalho atual, pode não ser o esperado. Use caminhos completos (não caminhos relativos) em todos os lugares.
Se você quiser começar manualmente, mas continue funcionando até o desligamento, existem programas como nohup
ou screen
que permitem fazer isso.