Tente executar o explorer.exe como uma nova tarefa por meio do Gerenciador de tarefas. Se a área de trabalho ficar visível, você poderá adicionar explorer.exe a programas de inicialização (novamente por meio do Gerenciador de Tarefas) e forçar a inicialização da área de trabalho em cada inicialização, mesmo que ela decida ocultar e procurar novamente.