OneDrive.exe /shutdown
é o que você procura. Ou mais formalmente:
Windows Vista, 7 e 10:
cd /d %LOCALAPPDATA%\Microsoft\OneDrive
OneDrive.exe /shutdown
Windows 8.1:
cd /d %LOCALAPPDATA%\Microsoft\Windows\OneDrive
OneDrive.exe /shutdown
Observação: para reiniciar o OneDrive de um arquivo em lotes, você precisará usar o comando "start". Executar o .exe diretamente deixará o arquivo em lote aberto "para sempre".