Para esse tipo de coisa eu geralmente prefiro o Linux para o Windows, porque (IMHO) ele tem ferramentas mais poderosas e geralmente dá menos dores de cabeça.
Eu recomendo que você use GParted . Ele vem com uma versão ao vivo ( aqui como configurá-lo), caso você não tem nenhuma distro Linux instalada no seu PC. Se você já tem um, pode tentar isso em um terminal:
# Install GParted if it isn't in your system yet
sudo apt-get install gparted
# Run GParted with root privileges
sudo gparted
Assim que estiver aberto, você terá que tentar formatar o seu drive USB. Aqui está um passo a passo passo tutorial sobre como fazer isso. Obviamente, isso limpará todos os seus dados.
Tenha em mente que às vezes os pendrives e outros são permanentemente corrompidos (especialmente se houver algum malware envolvido) e, nesses casos, não há nada que você possa fazer. No entanto, não considere que está morto antes de experimentar o GParted.