Isso pode acontecer quando arquivos e pastas ocultos não estão sendo exibidos.
Tente ativar Ferramentas - > Opções de pasta - > Exibir - > Mostrar arquivos ocultos, pastas & drives.
b.t.w - Existe uma ferramenta muito útil chamada SpaceSniffer que mapeia toda a sua unidade e exibe a alocação de armazenamento com uma GUI simples, mas poderosa.