Que tal isso:
for i in 'awk -F, '{print $2}' my.csv'; do cp "$i" target_directory; done
O comando awk é a chave; o -F, diz para usar uma vírgula como um separador de campo e, em seguida, pode imprimir o segundo campo.
Para pular a primeira linha:
for i in 'awk -F, 'NR==1{next} {print $2}' my.csv'; do cp "$i" target_directory; done