O Wordpress é executado no apache. Você provavelmente está carregando o wordpress primeiro, pois o docroot está configurado para wordpress. Você deseja mover o local do docroot um nível acima. Isso pode potencialmente quebrar qualquer coisa que o wordpress tenha definido estaticamente.
Dito isto, alguém pode ter configurado o sistema desta forma por uma razão, saberia porque é assim e você pode quebrá-lo.
Algo inteligente a fazer aqui? Se você tiver um domínio para a instância do wordpress, configure um virtualhost para ele. Em seguida, configure um novo host virtual em um diretório diferente para a outra coisa com um domínio ou subdomínio diferente.