Encontrado.
Embora o FAQ diga que ele suporta links simbólicos, não. Eu usei essa estrutura de arquivos:
-home/user
|-bkp
|-cloud
|-yandex <-- initialy configured to sync this dir
|-bkp <---symbolic link to /home/usr/bkp
assim que o configurei para sincronizar / home / user / bkp diretamente, funcionou bem.