Minha primeira sugestão para você é usar Meld . Ele funciona a partir da linha de comando também.
Ele tem os seguintes recursos que podem lhe interessar:
- Compare dois ou três diretórios, arquivo por arquivo, mostrando arquivos novos, ausentes e alterados.
- Use a filtragem de texto regex integrada para ignorar as diferenças não interessantes.
A única coisa que você precisa fazer é descobrir os padrões de regex corretos que podem ser usados para ignorar os dados sem importância (dependendo da sintaxe de seus metadados que você deseja ignorar).