Um script em lote simples deve ajudar com isso. Aqui está uma amostra que eu escrevi em alguns minutos, o que pode ser um bom ponto de partida. Isso pressupõe que o script em lote esteja no mesmo diretório que contém seus diretórios:
@echo off
for /L %%n in (101, 1, 200) do (
cd E%%n
mkdir cal
move calquip.docx cal\calquip.docx 1> nul
move calquon.docx cal\calquon.docx 1> nul
cd ..
)